Friedrich III. (V.): Ehe und Nachkommen
Friedrich war mit Eleonora von Portugal (1436–1467; auch Helena genannt), Tochter von König Eduard von Portugal und Leonore von Aragón, vermählt. Portugal erlebte damals eine Blütezeit und galt als Seemacht.
Über ihre Tante, die mit Herzog Philipp von Burgund verheiratet war, kam Eleonore in den Heiratskreis des Habsburgers Friedrich. Dieser stellte, vom materiellen Standpunkt aus gesehen, eine bescheidene Partie für die Tochter aus einem überaus reichen Königshaus dar, galt aber als Herrscher des Heiligen Römischen Reiches als würdiger Partner. Die Hochzeit fand 1452 in Rom statt, wo sich das Paar aufgrund der Kaiserkrönung Friedrichs durch Papst Nikolaus V. aufhielt. Eleonore wurde neben ihrem eben angetrauten Gatten zur Kaiserin gekrönt.
Zurück in österreichischen Landen folgte die Ernüchterung: Die Stellung Friedrichs in seinen Erbterritorien war erschüttert. Als Kaiser war er zwar mit einem ehrwürdigen Titel ausgestattet, hatte aber kaum Möglichkeiten, die hohe Position auch entsprechend auszufüllen.
Die Ehe war von den großen charakterlichen Unterschieden des Paares geprägt. Friedrich war um 21 Jahre älter als seine Gattin und mit seinem verschlossenen Charakter und seiner bescheidenen Hofhaltung in der Burg von Wiener Neustadt kein adäquater Partner für die temperamentvolle Königstochter, die südländisches Klima und verfeinerten Luxus gewohnt war. Sie verfügte über ein gewinnendes Wesen und eine königliche Erscheinung, ganz im Gegenteil zu ihrem eher verschrobenen Gatten. Eleonore sah sich zuweilen unter Barbaren gefangen: Bei einem Überfall auf ihre Reisegesellschaft durch Raubritter 1466, bei der sie zwar unangetastet blieb, wurde ihr Gepäck samt ihrer Leibwäsche geraubt.
Die filigrane, aber sehr energische Portugiesin erfocht sich ein eigenständiges Leben und mischte sich in die Politik ihres Gatten nicht ein. Trotz beschränkter Geldmittel versuchte sie dennoch, ihren gewohnten Lebensstil aufrechtzuerhalten: Sie brachte einige südländische Gewohnheiten mit, auch auf kulinarischer Ebene. Ihr Gatte Friedrich warf ihr vor, dass sie den frühen Tod etlicher der Kinder durch die exotischen Leckereien verschuldet hätte, mit denen sie den Nachwuchs verwöhnte, und verordnete spartanische Kost.
Den gegensätzlichen Partnern wurden fünf Kinder geboren:
Der erstgeborene Christophorus starb im Säuglingsalter. Maximilian, geboren 1459, war der einzige überlebende Sohn. Maximilian verdankte seiner Mutter, die den Sohn vergötterte und ihn zu einem idealen Gegenbild zum ungeliebten Gatten machen wollte, wichtige Impulse, so etwa seinen ausgeprägten Sinn für Repräsentation und – modern ausgedrückt – öffentlichkeitswirksames Auftreten.
Auf eine früh verstorbene Tochter namens Helene folgte schließlich Kunigunde (1465–1520), die ihrer Mutter sehr ähnlich war. Auch sie verfügte über einen ausgeprägten Charakter und war willensstark. Kurzfristig fungierte sie in einem unrealistischen Plan ihres Vaters als mögliche Gemahlin für Sultan Mehmed II., der 1453 Konstantinopel erobert hatte: Friedrich bot dem Osmanen die Kaisertochter, wenn er sich zum Christentum bekehren würde.
Kunigunde wurde schließlich 1487 mit Herzog Albrecht IV. von Bayern vermählt. Dies geschah auf Initiative ihres Bruders Maximilian und Herzog Siegmunds von Tirol, die eine Annährung an Bayern suchten. Friedrich war gegen diese Verbindung, wurde aber vor vollendete Tatsachen gestellt.
Die Habsburgerin spielte nach dem Tod des Gatten 1506 eine einflussreiche Rolle im Konflikt zwischen den verschiedenen Zweigen des Hauses Wittelsbach um die Erbfolge. Über ihre Kinder war sie mit allen bedeutenden deutschen reichsfürstlichen Familien verbunden. Ihr kulturelles Engagement öffnete den bayrischen Herzogshof für Einflüsse der Renaissance und Humanismus. Als Witwe trat sie in ein Münchner Franziskanerinnenkloster ein, wo sie einen vorbild- und tugendhaften Lebenswandel führte. Sie verstarb hoch angesehen im Jahre 1520 mit 55 Jahren.
Das letzte Kind Friedrichs und Eleonores, ein Sohn namens Johann, überlebte kaum ein Jahr.
Die fragile, nicht sehr robuste Eleonore verstarb 1467, bereits länger leidend, bei einem Kuraufenthalt in Baden. Sie wurde in dem von Friedrich gestifteten Zisterzienserkloster („Neukloster“) in Wiener Neustadt begraben, wo ihr von Nikolaus Gerhaert van Leyden gestaltetes Epitaph, ein bedeutendes Werk der Spätgotik, erhalten ist.