Friedrich III. (V.): Aus tiefster Erniedrigung zum späten Triumph
Friedrich war von einer Phalanx von Gegnern umgeben: innerhalb seiner Familie wie auch von seinen mächtigen Nachbarn wurde seine Herrschaft in Frage gestellt. Dank seiner Zähigkeit überlebte er im wahrsten Sinn des Wortes: alle seine Widersacher starben vor ihm.
Friedrichs Konflikt um das väterliche Erbe mit seinem jüngeren Bruder Albrecht VI. kulminierte 1462 in der Belagerung der Wiener Burg, in der sich Friedrich gegen seinen Bruder verbarrikadiert hatte. Albrecht war es gelungen, die Wiener Bürger gegen den Kaiser aufzubringen. Die Rettung nach der viermonatigen Belagerung kam in Gestalt eines böhmischen Heeres, das vom Böhmenkönig Georg von Podiebrad gesandt wurde, der sich im innerhabsburgischen Zwist auf die Seite Friedrichs gestellt hatte.
Hier löste sich das Problem zugunsten Friedrichs durch den vorzeitigen Tod des Gegners. Albrecht starb 1463, und danach wurde die Herrschaft Friedrichs innerhalb der Familie nicht mehr in Frage gestellt.
Zunächst gelang Friedrich eine Konsolidierung der Verhältnisse. Friedrich nahm das Projekt Herzog Rudolfs IV. wieder auf und es gelang ihm, 1469 die Erhebung von Wien zum Bistum durchzusetzen. Der Kaiser ließ zugleich auch Wiener Neustadt zum Bistum erheben, das Friedrich, der sich der Loyalität der Wiener nie ganz sicher sein konnte, als Residenz vorzog. Die Stadt nahm durch die Anwesenheit des Kaiserhofes einen enormen Aufschwung.
Als Landesfürst arbeitete der Habsburger an einer langsamen Festigung seiner Position im Inneren. Widerstände im Adel und unter den Städten wurden beseitigt. Die letzte ernsthafte Revolte gegen seine Autorität war die sogenannte Baumkircher-Fehde: Der Söldnerführer und ehemalige Gefolgsmann Friedrichs Andreas Baumkircher zettelte einen Aufstand des steirischen Adels an, worin er von Matthias Corvinus unterstützt wurde. Nur mit Mühe konnte Friedrich einen Waffenstillstand aushandeln und ließ seinen Widersacher trotz der Zusicherung des freien Geleites in Graz kurzerhand hinrichten (1471).
Diese lokale Adelsrevolte war aber nur das Fanal für einen größeren Konflikt: Matthias Corvinus begann, Friedrich aus dem Großteil seiner Stammlande zu verdrängen. Mit einer belastungsfähigen Machtbasis und enormen Ressourcen ausgestattet, wurde der ungarische König nun eine gefährliche Bedrohung für Friedrich. 1477 gelang es Corvinus, die Steiermark, Friedrichs Kernland, zu okkupieren, 1485 eroberte er Wien, und Friedrich musste sich nach Westen zurückziehen. Linz wurde nun kaiserliche Residenz. In dieser aussichtslosen Situation wurde Friedrich wieder einmal durch das plötzliche Ableben des Gegners gerettet: Matthias starb 1490 mit 47 Jahren unerwartet in Wien.
Die geschwächte Position Friedrichs in seinen Stammlanden färbte auch auf seine Stellung im Reich ab: Die Reichsfürsten wollten dem kaum handlungsfähigen Kaiser einen aktiveren (Gegen-)König zur Seite stellen, der dereinst seine Nachfolge übernehmen sollte. Friedrich gelang es, dies durch diplomatische Schachzüge und dank der Uneinigkeit der Reichsfürsten abzuwehren, und er versuchte seinen Sohn Maximilian als Nachfolger zu installieren.
In diesem Zusammenhang steht auch die erste Verständigung mit Herzog Karl dem Kühnen von Burgund 1463, bei der Friedrich seinen Sohn als möglichen Bräutigam für Karls Tochter Maria ins Spiel brachte. Zunächst war er mit seinem Vorhaben nicht erfolgreich: Karl stellte aus einer Position der Stärke extreme Forderungen – so wollte er selbst Römischer König werden oder zumindest den Königstitel für sein burgundisches Reich erlangen. Die Verhandlungen wurden ergebnislos abgebrochen.
1486 wurde schließlich Maximilian zu Lebzeiten des Vaters zum Römischen König gewählt. Als Mitregent verband ihn ein schwieriges Verhältnis mit dem Vater: auf der einen Seite stand der junge König, voller Tatendrang, und auf der anderen Seite der pragmatische, durch schlechte Erfahrungen vorsichtig gewordene Vater.
Mit seiner typischen Hartnäckigkeit erstritt Friedrich noch einen späten Erfolg: Er erreichte bei seinem Cousin Siegmund von Tirol, der ohne legitime Nachkommen geblieben war, die Abtretung von Tirol an Maximilian. Als Matthias Corvinus 1490 starb, hatte wieder einmal die Zeit für Friedrich gearbeitet. In der Folge konnte sich Maximilian in Österreich als Herrscher erfolgreich etablieren. Mit dem neuen König von Böhmen und Ungarn, Wladislaus II. Jagiello, der von den jeweiligen Ständen als Herrscher angenommen wurde, arrangierte sich Friedrich: Zur gegenseitigen Unterstützung wurden eine Allianz und ein Erbvertrag geschlossen, der die vertragliche Grundlage für den 1526 erfolgten Erbfall der Kronen Böhmens und Ungarns an das Haus Habsburg bilden sollte.