Ferdinand I. als Begründer der österreichischen Monarchie der Habsburger
Durch den Erwerb der böhmischen und ungarischen Kronen wurde ein Verwaltungsapparat notwendig, der die Administration der verschiedenen Territorien an der Spitze koordinieren sollte. Ferdinand legte die Basis für verwaltungstechnische Strukturen, die sich in Grundzügen über Jahrhunderte halten sollten.
1527 setzte Ferdinand mehrere neue zentrale Verwaltungsinstanzen ein. Der Geheime Rat war für Außenpolitik und dynastische Angelegenheiten zuständig. Der Hofrat leitete die Justizverwaltung und die Hofkammer die Finanzverwaltung. In Gestalt der Hofkanzlei verfügte Ferdinand ein Exekutivorgan, das landesfürstliche Anweisungen an die einzelnen Länderverwaltungen weitergab. Auch der Hofstaat wurde neu organisiert – in diesem Bereich hielten sich die damals eingeführten Strukturen am längsten, nämlich bis zum Ende der Monarchie 1918. Mit der Gründung des Hofkriegsrates 1556 als oberstes Organ der Militärverwaltung waren Ferdinands Verwaltungsreformen abgeschlossen.
Der neue Zentralverwaltungsapparat war ein erster Schritt zu einer Harmonisierung der verschiedenartigen Rechts- und Verwaltungstraditionen der einzelnen Länder – eine tatsächliche Vereinheitlichung sollten jedoch erst nach Generationen erfolgen.
Ein weiterer wichtiger Schritt Ferdinands war sein konsequentes Bemühen um Einfluss im Heiligen Römischen Reich. Dort war er von seinem kaiserlichen Bruder Karl V. als Statthalter eingesetzt worden. Mit der Verleihung des Titels eines Römischen Königs akzeptierten die Kurfürsten 1531 die Nachfolge Ferdinands im Reich.
Ferdinand begann eine selbstständige Politik, die zunehmend in Opposition zu seinem Bruder geriet. Anfänglich von den protestantischen Reichsfürsten als verlängerter Arm Spaniens abgelehnt, konnte Ferdinand ein eigenständiges Profil entwickeln und sich im Reich als Alternative zu Karl und dessen kompromissloser Haltung im Konfessionsstreit positionieren.
Karl versuchte den Bruder auszuspielen und begann ab 1550 seinen eigenen Sohn Phillip als Nachfolger im Reich aufzubauen. Die „Spanische Sukzession“ wurde aber von der Mehrheit der Reichsfürsten kategorisch abgelehnt. Ferdinand hatte nun eindeutig die Meinungsführerschaft im Reich, während der Kaiser zunehmend isoliert und aus der Reichspolitik gedrängt wurde. Karl war nur mehr pro forma Reichsoberhaupt. So war es auch Ferdinand, der 1555 den Augsburger Religionsfrieden schloss, der den Protestanten ihre Besitzstände und freie Religionsausübung zusicherte. Diese Zugeständnisse waren für Karl, der den Traum eines universalen christlichen Reichs unter habsburgischer Führung scheitern sah, unannehmbar. Die Folge war der Rückzug Karls aus dem Reich. 1556 legte der Kaiser sein Amt nieder. So wurde der Weg frei für den Aufstieg Ferdinands zum Kaiser 1558.
Der Kaisertitel war nun für die österreichische Linie gesichert und wurde zur identitätsstiftenden höchsten Würde für den zentraleuropäischen Zweig der Dynastie. Die überragende Bedeutung Ferdinands für das Haus Habsburg lag vor allem im Gewinn der Kronen des Hl. Wenzel und des Hl. Stephans, wodurch die Trias der österreichischen, böhmischen und ungarischen Ländergruppen entstanden war, die zum Kerngebiet der späteren Donaumonarchie werden sollten.
Trotz der Gefahr einer Zersplitterung der eben erst gewonnenen Macht legte Ferdinand in seinem Testament eine Teilung der Länder fest. Unter seinen Söhnen bildeten sich drei Linien: Die Hauptlinie sollte in Nieder- und Oberösterreich regieren und die Kronen Böhmens und Ungarns tragen – hier folgte der älteste Sohn Ferdinands, Maximilian II., nach. Die nachgeborenen Söhne Ferdinand und Karl erhielten Tirol und die Vorlande bzw. Innerösterreich zugesprochen.
Kaiser Ferdinand I. starb 1564 in Wien. Begraben wurde er neben seiner Gattin Anna im Veitsdom in Prag, wo ein prächtiges Grabmonument an das Königpaar erinnert.