Die letzten Regentschaftsjahre Ferdinands II.: Niederlagen, ein Auftragsmord und ein Friedensangebot
Die Position Ferdinands wandelte sich nach 1630 radikal: Der Konflikt zwischen den Reichsfürsten und dem Kaiser hatte sich internationalisiert. In Frankreich und Schweden erwuchsen dem Habsburger gefährliche Gegner.
Frankreich, seit Generationen bemüht, die übermächtige Stellung Spaniens zu brechen, nahm unter der Führung von Kardinal Richelieu die Gelegenheit wahr, durch Unterstützung der protestantischen Partei im Reich die Kräfte des Kaisers zu binden. Langfristiges Ziel war es, den spanischen und österreichischen Zweig der Dynastie gegeneinander auszuspielen und den Zusammenhalt des Gesamthauses zu untergraben.
Die größte Bedrohung für die Pläne Ferdinands kam jedoch aus dem Norden. Der schwedische König Gustav Adolf zog mit seinen Truppen ins Reich, um die protestantischen Glaubensbrüder gegen das „tyrannische Joch“ des Kaisers zu unterstützen.
Ferdinand war gezwungen, den Reichsständen entgegenzukommen. Eine Forderung war die Abberufung des allmächtigen kaiserlichen Oberbefehlshabers Wallenstein – Ferdinand willigte 1630 am Kurfürstentag in Regensburg ein. Prompt wendete sich das Kriegsglück: Die katholische Armee der Liga wurden bei Breitenfeld 1631 vernichtend geschlagen. Als Truppen des protestantischen Kurfürsten von Sachsen Prag besetzten und der Krieg auf habsburgisches Territorium übergriff, berief Ferdinand Wallenstein auf seinen Posten zurück. In der folgenden Schacht von Lützen errangen die schwedischen Truppen 1632 zwar einen knappen Sieg, doch König Gustav Adolf fiel: die Protestanten hatten ihren charismatischen Anführer verloren.
Wallenstein begann bald darauf eigenmächtige Initiativen zu starten, und sein undurchsichtiges Lavieren als Kommandant der Truppen ließ ihn in den Augen des Wiener Hofes als unzuverlässig erscheinen. Der kaiserliche Generalissimus wurde verdächtigt, den Kaiser stürzen und sich selbst an die Macht putschen zu wollen. Nach langen Beratungen und von belastenden Gutachten gestützt, ließ Ferdinand seinen Oberbefehlshaber fallen, worauf Wallenstein am 25. Februar 1634 in der westböhmischen Stadt Eger (tschech.: Cheb) ermordet wurde. Dieser vieldiskutierte Auftragsmord und die Rolle Ferdinands dabei bestimmen die Beschäftigung der Historiker mit der Biografie des Kaisers bis heute.
Im Reich stieg in beiden konfessionellen Lagern die Kompromissbereitschaft. Im Prager Frieden von 1635 nahm Ferdinand Abstand von den Forderungen des Restitutionsediktes und formulierte ein Friedensangebot an die Reichsstände. Damit konnte der Konflikt innerhalb des Reiches entschärft und als nächster gemeinsamer Schritt die Zurückdrängung der äußeren Feinde (Schweden und Frankreich) in Angriff genommen werden.
Ferdinand sah schlussendlich die Undurchführbarkeit der konfessionellen Gleichschaltung unter katholischen Vorzeichen auf der Ebene des Reiches ein. Gleichzeitig bereitete er auch die Nachfolge seines gleichnamigen Sohnes vor. Ein letzter Erfolg der kaiserlichen Politik war die Annahme Ferdinands III. zum Römisch-deutschen König und künftigen Nachfolger seines Vaters durch die Kurfürsten im Dezember 1636.
Anfang 1637 verschlechterte sich der Gesundheitszustand Ferdinands II. Der Kaiser starb zwar in Wien, wurde aber gemäß seiner testamentarischen Bestimmungen in Graz in dem von ihm errichteten Mausoleum bestattet.