Lebensläufe der überlebenden Kinder Karls II. von Innerösterreich
Die große Zahl der Kinder machte die Versorgung – vor allem der Söhne – problematisch. Viele der Töchter wurden den politischen Plänen des Gesamthauses zur Verfügung gestellt. Die dynastisch begründeten Verbindungen etlicher Töchter hatten unterschiedliche Schicksale als Resultat.
Die älteste Tochter Anna (1573–1598) galt als äußerst intelligent und wurde mit Sigismund III. Wasa, der als König die Kronen von Polen und Schweden vereinte, verheiratet. Nach ihrem frühen Tod vermählte sich Sigismund mit Annas jüngerer Schwester Konstanze (1588–1631).
Maria Christierna (1574–1621) wurde mit dem Fürsten von Siebenbürgen, Sigismund Báthory vermählt, von diesem jedoch nach kurzer Zeit verstoßen. Sie zog sich hinter Klostermauern zurück und beendete ihr Leben als Oberin des Haller Damenstiftes, einer kirchlichen Institution zur Versorgung lediger Adelstöchter.
Katharina Renata (1576–1595) war einem italienischen Parteigänger der Habsburger, Herzog Ranuccio von Parma, versprochen, starb aber mit nur 19 Jahren, bevor die Heirat geschlossen werden konnte.
Gregoria Maximiliane (1581–1597) sollte den spanischen Infanten Philipp (als König Philipp III.) heiraten, starb aber 16-jährig bevor die Verhandlungen abgeschlossen werden konnten. Ihre Stelle nahm die jüngere Schwester Margarethe (1584–1611) ein. Die 1599 geschlossene Ehe galt als vorbildlich, Margarethe entwickelte trotz der relativ kurzen Dauer der Ehe – sie starb mit 26 Jahren im Kindbett – großen politischen Einfluss am spanischen Hof.
Maria Magdalena (1589–1631) wurde mit Cosimo III., Großherzog von Toskana, vermählt. Nach dem Tod ihres Gatten 1621 führte sie die vormundschaftliche Regierung für ihren minderjährigen Sohn Ferdinando, wobei sie zu einer geschickten Vertreterin habsburgischer Interessen in Italien wurde.
Einige der Töchter zogen ein Dasein als Nonne vor, was im glaubensstrengen Umfeld des Elternhauses durchaus als wünschenswertere Alternative zu einer Verheiratung gesehen wurde, da sie als Ordensfrauen mitunter ein stärker selbstbestimmtes Leben führen konnten, denn als Spielball dynastischer Interessen. Eleonore (1582–1620) trat in das Haller Damenstift ein, gemeinsam mit ihrer älteren Schwester Maria Christierna, deren Ehe in einem menschlichen Desaster geendet hatte.
Von den Söhnen war dem Ältesten, Ferdinand II. (1578–1637), die Nachfolge als Landesfürst Innerösterreichs vorbehalten. Er sollte später die Hauptlinie fortsetzen, da Kaiser Rudolf II. wie sein Bruder und Rivale Kaiser Matthias keine legitimen männlichen Nachkommen hatten. Da Ferdinand nach seinem Aufstieg zum Oberhaupt der österreichischen Linie die innerösterreichische Ländergruppe nicht mehr einem Bruder zur Herrschaft überließ, wurde diese mit dem Gesamthaus vereinigt.
Für die jüngeren Brüder blieb nur mehr eine kirchliche Karriere übrig:
Maximilian Ernst (1583–1616) war für das Amt des Oberhauptes des Deutschen Ordens in Aussicht genommen, starb aber bevor die Stelle frei wurde, die sein gleichnamiger Cousin Maximilian III., ein Sohn Kaiser Maximilians II., innehatte. Der gut dotierte Posten fiel danach – inzwischen zu einer Art erblicher Pfründe nachgeborener Söhne des Hauses geworden – an den jüngsten Sohn des steirischen Landesfürsten, Erzherzog Karl (1590–1624), der zusätzlich auch die einträglichen Würden eines zweifachen Bischofs von Brixen und Breslau in sich vereinigte.
Der dritte Sohn Karls, Erzherzog Leopold V. (1586–1632), schlug zunächst ebenfalls die kirchliche Laufbahn ein, kehrte aber später in den weltlichen Stand zurück und wurde von kaiserlichem Bruder zum Landesfürst von Tirol ernannt. Er ist der Begründer der jüngeren Tiroler Nebenlinie der Habsburger.
