Karl II. als Landesfürst von Innerösterreich
Als Herrscher über ein Teilreich der Habsburgermonarchie stand Karl den Problemen gegenüber, die die Politik der Dynastie in der Frühen Neuzeit bestimmen sollten: die Abwehr der Osmanischen Expansion und konfessionelle Spannungen. Karls Politik als Landesfürst pendelte zwischen Kompromiss und Konfrontation.
Karl kam als zwölftes Kind der kindereichen Ehe von Kaiser Ferdinand I. und Anna von Jagiello, die den Habsburgern die Kronen Böhmens und Ungarns einbrachte, am 3. Juni 1540 in Wien zur Welt. Er war der Jüngste der drei überlebenden Söhne.
Seit 1554, als Karl 14 Jahre alt war, stand fest, dass sein Vater Ferdinand sein Erbe unter den Söhnen aufteilen werde. Karl war also ein weltlicher Fürstenthron sicher und so erhielt er die entsprechende Erziehung und Vorbereitung.
Das Erbteil Karls war Innerösterreich, worunter man den südöstlichen Teil der Österreichischen Erbländer verstand: Das Hauptland dieses Bündels von Territorien war die Steiermark. Dazu kamen Kärnten und Krain sowie die Gebiete der Grafschaft Görz, Teile Istriens und Friauls sowie die beiden adriatischen Hafenstädte Triest und Fiume.
Karl übernahm die Herrschaft nach dem Tod des Vaters 1564. In seiner Residenz Graz errichtete er ein straffes Regiment und reorganisierte die landesfürstlichen Behörden. Der Erzherzog war hier in kleinerem Maßstab mit denselben Problemen konfrontiert wie sein älterer Bruder Maximilian II. als Kaiser und König von Böhmen und Ungarn.
Eine existenzielle Bedrohung bedeutete die rasche Expansion des Osmanischen Reiches. Die Türkengefahr war gerade für Innerösterreich am größten, da es unmittelbar an die von Türken kontrollierten Gebiete im Süden Kroatiens und Ungarns grenzte. Karl wurde von seinem kaiserlichen Bruder mit der Leitung der Abwehr im Südosten des Reiches betraut. Graz wurde zum Zentrum der Organisation der militärischen Maßnahmen. Um Einfälle in das Hinterland zu verhindern, wurden direkt an der Front Befestigungen errichtet: die kroatische Schlüsselfestung an der Grenze zum Reich wurde zu Ehren Erzherzog Karls Karlstadt (Karlovac) benannt.
Die Abwehr war äußerst kostspielig, und der Landsfürst benötigte die finanzielle Hilfe der Landstände, also der Vertreter von Adel, Klöstern und privilegierter Städte, die die lokale Herrschaft über ihre Untertanen, die Masse der Bevölkerung, ausübten. Die Landstände nützten das Steuerbewilligungsrecht, das in ihren Hände lag, zur Einflussnahme auf den Fürsten, denn der Landesherr konnte gemäß der damaligen Rechtslage ohne Zustimmung und organisatorische Mithilfe der Stände nicht einfach Steuern einheben.
Das zweite Konfliktfeld war die Reformation, die nicht nur theologisches Problem, sondern auch ein Politikum darstellte. In der Frühen Neuzeit verstand man unter Landesherrschaft nicht nur Machtausübung im verwaltungstechnischen Sinn, sondern auch das Recht, den Glauben der Untertanen zu bestimmen. In den österreichischen Landen tendierte damals die Mehrheit der Bevölkerung zum Protestantismus. Die Ausübung des neuen Glaubens bewegte sich jedoch im gesetzlichen Graubereich. Die Zugehörigkeit zu Katholizismus wie zu Protestantismus wurde damals aber auch als politischer Code verstanden. Während Katholiken als Parteigänger einer gestärkten zentralistischen Fürstenmacht galten, standen Anhänger der Reformation im Verdacht, Sympathisanten eines eher föderalen Regiments mit stark erweiterter Mitsprache der Stände zu sein.
Karl war gezwungen, hier Zugeständnisse zu machen: 1572 wurde die Grazer Religionspazifikation beschlossen, worin den adeligen Ständen Religionsfreiheit gewährt wurde, die später auch auf das Stadtbürgertum ausgedehnt wurde. Das Problem bestand in der Auslegung: War mit der Zusicherung von Religionsfreiheit nur die Gewissensfreiheit (also das individuelle Recht des freien Bekenntnisses) oder auch Kultusfreiheit gemeint, was auch das Recht auf den Aufbau eine Kirchenorganisation mit Schulen, Pfarren, etc. impliziert hätte. Die folgenden juristischen und theologischen Spitzfindigkeiten vergifteten das Klima auf beiden Seiten nachhaltig.
Die Rolle Karls in diesem Prozess war in einer Wandlung begriffen: anfänglich galt er als tolerant und pragmatisch, sodass sein Verhalten gegenüber den protestantischen Forderungen vonseiten der spanischen Verwandtschaft und der Kurie als zu entgegenkommend kritisiert wurde. Unter dem Einfluss seiner streng katholischen Gattin identifizierte er sich später zunehmend mit den Zielen der erstarkenden katholischen Gegenreformation.
Zunächst mussten tragfähige Fundamente für eine Erneuerung der Macht der Alten Kirche geschaffen werden, denn die Situation im katholischen Klerus war katastrophal. 1580 wurde in Graz eine Nuntiatur eingerichtet als Sitz eines Botschafters des Papstes, der als Verbindungsstelle zu den katholischen Mächten Europas fungieren sollte. Karl berief auch die Jesuiten nach Graz, und mit der Gründung der Hochschule 1585 wurde eine Kaderschmiede für die zukünftige katholische Elite geschaffen.
Karl bereitete somit das Feld für die nächste, aggressivere Phase der Gegenreformation in Innerösterreich, die mit dem Namen seines Sohnes Ferdinand verbunden ist.
Der Erzherzog starb am 10. Juli 1590 in Graz und wurde in dem von ihm errichteten Mausoleum in der Stiftskirche von Seckau begraben.