Johanna „die Wahnsinnige“ als Stammmutter der spanischen und österreichischen Habsburger
Aus der Ehe Johannas mit Philipp „dem Schönen“ gingen sechs Kinder hervor. Die beiden Söhne Karl und Ferdinand wurden die Begründer der beiden Linien der Dynastie.
Der ältere Sohn Karl, geboren im Jahre 1500 in Gent, setzte die spanische Linie der Dynastie fort. Auf den jüngeren Sohn Ferdinand, 1503 geboren im spanischen Alcalá, geht der österreichische Zweig der Dynastie zurück.
Die älteste Tochter Eleonore, geboren 1498 in Brüssel, wuchs wie die meisten der Kinder Johannas in Obhut der Tante väterlicherseits, Erzherzogin Margarete, in den Niederlanden auf. Eleonore wurde von ihrem Bruder Karl der Politik geopfert. Sie heiratete mit 21 Jahren König Manuel von Portugal, der mit 50 Jahren bereits zweifacher Witwer war. Die beiden Vorgängerinnen Eleonores waren zudem ihre Tanten gewesen.
Nach zwei Jahren Ehe wurde sie Witwe und wiederum das Objekt der Heiratspolitik ihres Bruders. Während der französische König Franz I. nach der Schlacht bei Pavia 1525 von Karl gefangen gehalten wurde, rang man ihm die Zustimmung zur Heirat mit Eleonore ab. Nach der Freilassung dank des Friedens von Madrid 1526 widerrief Franz zunächst die Abmachung. Erst durch den „Damenfrieden“ von Cambrai 1529 wurde die Heirat endgültig vereinbart. Die Ehe blieb kinderlos. Eleonore starb 1558 in Spanien, wohin sie als Witwe zurückgekehrt war.
Johannas zweite Tochter Isabella (1501–1526) wurde ebenfalls von ihrem Bruder einer dynastischen Allianz geopfert und mit König Christian von Dänemark vermählt.
Maria (1505–1558) spielte bereits als Säugling eine bedeutende Rolle in der Heiratspolitik ihres Großvaters Maximilian I. Sie sollte zur Bekräftigung des Vertrages von Wien mit dem zukünftigen jagiellonischen Thronerben von Ungarn und Böhmen vermählt werden. Das Delikate daran war, dass dieser noch gar nicht geboren war. Erst durch die Geburt Ludwigs II. von Jagiello stand ihr zukünftiger Bräutigam fest, mit dem sie im Alter von zehn Jahren in der Wiener Doppelhochzeit 1515 vermählt wurde. Maria wuchs mit ihrer Schwägerin Anna in Innsbruck auf. 1521 reiste Maria erstmals zu ihrem um ein Jahr jüngeren Gatten nach Ungarn und das Paar wurde schließlich vereint. In ihrer kurzen Ehe mit Ludwig, der 1526 in der Schlacht von Mohács gegen die Türken fiel, bewies sie großes politisches Talent. Sie bereitet das Terrain zugunsten ihres Bruders Ferdinand bei der Übernahme der Kronen Ungarn und Böhmens.
1530 verließ Maria Mitteleuropa und ging als Statthalterin in die Niederlande. Ihr Bruder Karl konnte sich hier auf ihre überragenden Fähigkeiten als Vertreterin habsburgischer Interessen gegen die einflussreichen Stände der niederländischen Territorien stützen. Die Niederlande erlebten während ihrer Statthalterschaft eine Blütezeit, und die Dynastie verdankt Maria den Erhalt der reichen Gebiete, die sie mit sicherer Hand führte. Ihre Meinung hatte in der Familie großes politisches Gewicht. Maria gilt als eine der großen weiblichen Gestalten der Dynastie.
Im Alter legte sie ihre Ämter nieder und verbrachte ihre letzten Jahre in Spanien, wo sie 1558 starb.
Die jüngste Tochter Johannas, Katharina (1507–1578), wurde erst nach dem Tode des Vaters geboren. Sie begleitete zunächst ihre Mutter in die Klosterhaft, wo sie isoliert aufwuchs, bevor ihr Bruder Karl V. sie zu sich holte. 1524 vermählte er seine Schwester mit König Johann III. von Portugal. Dieser Ehe entsprang u. a. Maria Manuela (1527–1545), die erste Gemahlin ihres Neffen Philipp II. 1557 bis 1568 führte Katharina mit großem Geschick in Portugal die Regentschaft für ihren minderjährigen Enkel, den Thronfolger Dom Sebastian.
