Rudolf II.: Psychische Probleme und schrittweise Entmachtung
Ungefähr ab 1600 wurde Rudolfs Regentschaft zunehmend überschattet von seinen psychischen Problemen. Eine moderne Diagnose würde auf erbliche Schizophrenie und Alkoholkrankheit lauten. Ab 1606 war der Kaiser de facto regierungsunfähig. Er meinte, von Dämonen besessen oder verhext worden zu sein, und war akut selbstmordgefährdet.
Er umgab sich mit einem Kreis von Vertrauten, die auf seine Entscheidungen enormen Einfluss hatten, denen er jedoch auch mitunter blitzartig seine Gunst entziehen konnte. Rudolf entwickelte ein krankhaftes Misstrauen gegenüber seiner Umgebung und trat immer seltener öffentlich auf. Er verbarg sich in seinen Sammlungen und flüchtete sich zuweilen in eine Art Phantasiewelt.
Die Lage spitzte sich zu: Da er sich sträubte zu heiraten, wurde die Frage der Nachfolge immer dringender. Rudolf verweigerte jedoch jegliche Diskussion darüber, daher verständigten sich ab 1600 seine Brüder und Verwandten hinter seinem Rücken auf eine Nachfolgeregelung. Matthias, Rudolfs nächstältester noch lebender Bruder, wurde zum Kompromisskandidaten. Dieser Habsburger, der in offener Feindschaft zum Kaiser stand, war ein umstrittener Charakter und persönlich wenig geeignet.
Im „Bruderzwist im Hause Habsburg“ übernahm die Parteiung um Matthias das Ruder. Die Aversion zwischen Rudolf und Matthias mündete in einen offenen Kampf. Matthias startete einen Putsch gegen seinen Bruder, bei dem Rudolf unterlag. Im Vertrag von Lieben 1608 musste er anerkennen, dass Matthias nun in Ungarn, Mähren sowie in Nieder- und Oberösterreich die Macht zugesprochen bekam. Rudolf konnte seine Herrschaft nur in Böhmen, Schlesien und den beiden Lausitzen aufrechterhalten.
Der Preis für den Machterhalt Rudolfs in Böhmen und die Loyalität der Stände war der 1609 erlassene Majestätsbrief: dieser enthielt weitreichende und aus der Perspektive Rudolfs demütigende Zugeständnisse an den oppositionellen Adel vor allem in religionspolitischen Belangen.
In dieser entscheidenden Phase agierte Rudolf zunehmend unberechenbar. Von Angstzuständen und Zornesausbrüchen gepeinigt, sann er auf Rache, wobei er eine fatale Fehlentscheidung fällte: Im Februar 1611 verständigte sich Rudolf mit seinem Cousin Erzherzog Leopold, seines Zeichens Bischof von Passau. Mithilfe ausländischer Söldner, die Leopold angeworben hatte, wollte der Kaiser in einer Art Notwehraktion seine angeschlagene königliche Autorität in Böhmen wiederherstellen. Der Einfall des „Passauer Kriegsvolkes“ geriet aber außer Kontrolle, die Söldner begannen in Böhmen zu marodieren, und das Unternehmen endete in einem Fiasko. Die böhmischen Stände entzogen Rudolf ihre Unterstützung, sodass der Kaiser nun gänzlich isoliert war. Er musste als Zeichen seiner endgültigen Niederlage 1611 die Krönung seines verhassten Bruders Matthias zum König von Böhmen in Prag miterleben. Rudolf blieb nur mehr die Kaiserwürde, die aber ohne reale Machtbasis ein leerer Titel war. Der entmachtete Kaiser dämmerte noch einige Monate auf der Prager Burg schwer krank dahin, bis er schließlich Anfang 1612 starb. Begraben wurde Rudolf in der königlichen Gruft im Prager Veitsdom.