Philipp III.: Ehe und Nachkommen
Philipp war mit Erzherzogin Margarete (1584–1611) aus der steirischen Linie der Habsburger vermählt. Margarete war eine Tochter Erzherzog Karls von Innerösterreich und die Schwester des zukünftigen Kaisers Ferdinand II.
Eigentlich wäre ihre ältere Schwester Katharina Renata für diese Ehe vorgesehen gewesen, doch diese starb frühzeitig. Auch die nächstälteste Schwester, Gregoria Maximiliana, die als Kandidatin für die spanische Hochzeit in Frage kam, starb, bevor die Verhandlungen beendet werden konnten.
Schließlich fiel das Los auf Margarete. Aus dem biederen Grazer Hof stammend, war sie streng religiös erzogen worden. Die Ehe wird als recht harmonisch dargestellt, und Margarete entwickelte ein lebhaftes Interesse an der Politik. Anders als ihr Gatte brachte sie sich aktiv ein und wurde eine Konkurrentin von Philipps allmächtigem Favoriten Lerma und zum Mittelpunkt einer oppositionellen Gruppierung am Hof.
Obwohl die Ehepartner wiederum eng verwandt waren, entsprangen der Verbindung zahlreiche überlebende Nachkommen: von acht Kindern erreichten immerhin fünf das Erwachsenenalter.
Die älteste Tochter Anna (1601–1666) ging als Anne d’Autriche und Gemahlin des französischen Königs Ludwig XIII. in die Geschichte ein. Sie hatte zunächst mit ihrer schwierigen Position am französischen Hof zu kämpfen. Im allmächtigen Kardinal Richelieu fand sie einen einflussreichen Gegner. Auch das Verhältnis zu ihrem Gatten war kompliziert, denn dieser lehnte seine Gemahlin rundwegs ab. Erst nach 20 Jahren Ehe und einer Reihe von Totgeburten kam endlich ein gesundes Kind zur Welt: Anna wurde die Mutter des späteren Sonnenkönigs Ludwig XIV. Nach dem Tod des Gatten 1643 übernahm sie die vormundschaftliche Regentschaft für ihren minderjährigen Sohn und führte die absolutistische Politik Richelieus weiter. In der Außenpolitik verfolgte sie, unterstützt von Kardinal Mazarin, ein bedingungslos pro-französisches Großmachtstreben, das sie auch Krieg gegen ihren Bruder Philipp IV. führen ließ. Sie bereitete Terrain für ihren Sohn, den späteren Sonnenkönig.
Auf eine 1603 geborene Tochter namens Marie, die im Kleinkindalter starb, folgte 1605 der zukünftige Thronfolger Philipp IV.
1606 wurde eine weitere Tochter, Maria Anna (1606–1646), geboren, die die Gemahlin von Kaiser Ferdinand III. werden sollte, also wiederum eine Ehe zwischen engen Verwandten.
1607 wurde Karl (1607–1632) geboren, der zum Statthalter in Portugal ernannt werden sollte. Politisch sehr ambitioniert, wurde er ein Konkurrent seines älteren Bruders, starb aber bereits mit 25 Jahren 1632 an Typhus.
1609 folgte Ferdinand (1609–1641), der für eine kirchliche Laufbahn vorgesehen war, da nun genügend Söhne vorhanden waren. Als Kardinal-Infant wurde er ein hoher kirchlicher Würdenträger und mit bereits zehn Jahren zum Erzbischof von Toledo ernannt, ohne jedoch die priesterlichen Weihen empfangen zu haben. Somit konnte er notfalls in den weltlichen Stand zurückversetzt werden, falls durch eine Verkettung unglücklicher Umstände seine Brüder früh versterben oder kinderlos bleiben sollten. Ferdinand wurde auch mit der Statthalterschaft in den spanischen Niederlanden betraut, zeigte großes militärisches Talent, verstarb aber 1641 mit nur 32 Jahren.
Es folgten mit der 1610 geborenen Margarete und dem 1611 geborenen Alfons noch zwei weitere Kinder, die aber im Kindesalter verstarben. An den Folgen der Geburt des letzteren starb die erst 26-jährige Mutter.
Philipp blieb für den Rest seines Lebens Witwer, auch deswegen, da er für ausreichend Nachwuchs gesorgt hatte: Drei überlebende Söhne stellten einen einzigartigen Fall bei den spanischen Habsburgern dar, die sonst stets von der Sorge über das Ausbleibenden männlichen Nachwuchses geplagt waren.