Maximilian II.: Ehe und Nachkommen
Die Ehe zwischen Maximilian und seiner Cousine Maria von Spanien war die Erste von vielen Ehen im engsten Verwandtenkreis. Eine fast unüberschaubare Verflechtung zwischen den beiden Linien des Hauses über Generationen hinweg ließ einen einheitlichen habsburgischen Familienverband entstehen.
Maximilians Gattin war die spanische Infantin Maria (geb. 1528), eine Tochter Kaiser Karls V. und Isabellas von Portugal. Die Ehe wurde 1548 auf Druck Spaniens geschlossen und sollte die Einheit zwischen den Linien betonen – nicht nur politisch, sondern auch genealogisch.
Maria hatte eine sehr einflussreiche Position: sie war die Vertreterin der Interessen ihres Bruders Philipp II. am Kaiserhof. Ihr spanisches Gefolge und vor allem ihre Beichtväter sorgten mit ihrem selbstbewussten, teilweise arroganten Auftreten für Kontroversen mit dem hiesigen Adel, der sich zurückgesetzt fühlte. Nach dem Tod ihres Gatten ging sie 1581 nach Spanien zurück, wo sie weiterhin politische Ambitionen hegte, die sich jedoch nicht erfüllten. 1603 verstarb Maria hochbetagt, aber isoliert in ihrer Heimat.
Maximilian und Maria waren die Begründer der österreichischen Hauptlinie der Dynastie. Der Ehe zwischen Cousin und Cousine entsprangen 16 Kinder, von denen neun das Kindesalter überschritten. Trotz der stolzen Zahl von sechs Söhnen, die das Erwachsenenalter erreichten, starb diese Linie bereits in der nächsten Generation aufgrund des Fehlens legitimer männlicher Nachkommen aus: Rudolf II. und Ernst blieben unverheiratet; Maximilian III. und Wenzel waren als Kleriker dem Zölibat unterworfen; und Matthias wie auch Albrecht waren zwar verheiratet, deren Ehen blieben jedoch kinderlos.
Die erstgeborene Tochter Anna (1549–1580) heiratete König Philipp II., ihren Onkel mütterlicherseits, der bereits dreifach verwitwet und um 22 Jahre älter war als seine kindliche Braut. In zehn Jahren Ehe brachte Anna vier Kinder zur Welt, die alle bis auf einen, den sehnlichst erwarteten Thronfolger Philipp III., als Kinder verstarben. Anna rettete so die spanische Linie vor dem Aussterben.
Der älteste Sohn Rudolf (geb. 1552) wurde der Nachfolger seines Vaters auf dem Kaiserthron.
Ernst (1553–1600) wurde zusammen mit seinem älteren Bruder Rudolf in Spanien erzogen. Die tiefe Verbindung zwischen den Geschwistern blieb auch während der Krise um den psychisch kranken Kaiser bestehen, als sich der Rest der Familie im Bruderzwist von Rudolf abwandte. Als Vertrauter seines Bruders war Ernst zunächst Statthalter im Erzherzogtum Österreich, wo er die katholische Gegenreformation vorantrieb. 1593 von König Philipp II. zum Statthalter in den Niederlanden ernannt, agierte er dort auf verlorenem Posten. Ernst konnte die Abspaltung der nördlichen Provinzen nicht verhindern. Der Erzherzog ist weniger als Politiker, denn als Kunstmäzen in die Geschichte eingegangen. Er entwickelte großes Interesse an der gerade in voller Blüte stehenden flämischen Malerei. Auf ihn geht die große Breughel-Sammlung im Wiener Kunsthistorischen Museum zurück.
Maximilians Tochter Elisabeth (1554–1592) war seit frühester Kindheit für eine Annäherung an Frankreich bestimmt: Sie wurde 1569 mit dem französischen König Karl IX., dem Sohn Heinrichs II. mit Katharina von Medici, vermählt. Es war dies eine unglückliche Ehe. Elisabeth kehrte nach dem Tod des Gatten 1574 nach Österreich zurück. Als Sühnekloster für das Massaker an den Protestanten in Paris 1572 („Bartholomäusnacht“) stiftete sie das nach ihr benannte Königinkloster in Wien (unter Joseph II. aufgehoben), wo sie den Rest ihres Lebens verbrachte.
Erzherzog Matthias (geb. 1557) sollte als Rivale seines Bruders Rudolf eine unrühmliche Rolle im Bruderzwist spielen und übernahm von diesem sukzessive die Herrschaft.
Für Maximilian III. (1558–1618) war eine Kirchenlaufbahn geplant. Zunächst ließ er sich jedoch auf ein kurzfristiges Abenteuer als Kandidat für den polnischen Thron ein; sein Versuch einer militärischen Machtergreifung endete als totaler Misserfolg. Später zerschlug sich die Hoffnung auf die Übernahme verschiedener Bistümer, sodass der Erzherzog schließlich die Stelle eines Hoch- und Deutschmeisters des Deutschen Ritterordens zugesprochen erhielt, den er bis zu seinem Tode innehatte. Maximilian III. war der Erste in einer langen Reihe von Habsburgerprinzen in dieser Funktion. Er legte den Schwerpunkt der Aktivität des Ordens auf die Türkenabwehr, womit er dem Orden, der während Kreuzzüge zum Schutz der Pilger gegen die Muslime gegründet wurde, einen neuen Sinn gab.
Innerhalb der Dynastie setzte er sich für eine Emanzipation des österreichischen Zweiges von der spanischen Bevormundung ein. Im Reich entwickelte sich dieser Habsburger zu einem von allen Seiten geachteten Vermittler zwischen den sich verhärtenden Fronten. Der Erzherzog starb kurz vor Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges, dessen Ursachen er vergeblich zu beheben versucht hatte.
Ein weiterer Sohn Kaiser Maximilians war Albrecht (1559–1621), der, in Spanien erzogen, zeitlebens in spanischen Diensten stand. Albrecht war zunächst für die kirchliche Laufbahn vorgesehen. Mit 18 Jahren wurde er zum Kardinal und Erzbischof von Toledo ernannt und hatte politische Ämter als verlängerter Arm des spanischen Königs inne. So fungierte er ab 1583 als Vizekönig in Portugal und ab 1595 als Generalgouverneur der Niederlande, wo sein Wirken vom erfolgreichen Unabhängigkeitskampf der nördlichen Provinzen überschattet war. Später wechselte er in den Laienstand und heiratete Infantin Isabella Clara, die Tochter seines Onkels König Philipp II., der ihm die Herrschaft in den Niederlanden abtrat – eine eigene niederländische Linie der Dynastie wäre somit entstanden. Da seine Ehe aber kinderlos blieb, fielen die Niederlande nach seinem Tod 1621 wieder an den spanischen König zurück.
Wenzel (1561–1578) sollte ebenfalls in Spanien versorgt werden, wo er als designierter Großprior des Johanniterordens von Kastilien galt. Er starb jedoch jung mit nur 17 Jahren.
Margarete (1567–1633) hätte als 13-jährige ihrer früh verstorbenen älteren Schwester Anna als nunmehr fünfte Gemahlin König Philipps II. von Spanien nachfolgen sollen. Die Ehepläne wurden aber letztlich nicht realisiert, und Margarete bevorzugte den Eintritt in ein Kloster. Im Alter von 16 Jahren trat sie in den Orden der Klarissen ein und verbrachte den Rest ihres Lebens als Ordensschwester in Spanien.