Matthias und Rudolf II.: Der Beginn des Bruderzwistes
Von seinem niederländischen Abenteuer ernüchtert zurückgekehrt, machte sich Matthias auf die Suche nach einer Funktion, die seiner Stellung als Erzherzog entsprach.
In den nächsten Jahren startete Matthias vergebliche Versuche, eine geistliche Pfründe zu erhalten. So brachte er sich als Bischof von Lüttich, Münster und Speyer ins Gespräch. Ohne starken Rückhalt in der Dynastie und als Außenseiter nach seinen Kapriolen in Niederlanden war der zudem in konfessioneller Hinsicht der katholischen Sache eher lax gegenüberstehende Erzherzog chancenlos. Matthias wurde auch kurzfristig als Kandidat für den vakanten polnischen Thron oder als Regent in Tirol ins Spiel gebracht, konnte sich aber auch hier nicht durchsetzen.
Erst 1594 bot sich eine Chance: Sein Bruder Erzherzog Ernst wurde von Philipp II. als Statthalter in die Niederlande abkommandiert. Dessen Posten als Statthalter in den beiden österreichischen Erzherzogtümern in Diensten Rudolfs II. wurde somit frei. Rudolf residierte in Prag und benötigte daher einen Vertreter an der Donau. Matthias bekam den Posten, wo er jedoch mit großen Schwierigkeiten konfrontiert war, denen er aufgrund seiner Entscheidungsschwäche aber wenig mehr entgegenzusetzen hatte, als auf seine landesfürstlichen Rechte zu pochen. Die mehrheitlich protestantische adelige Ständegemeinde hatte durch die drückende Gefahr der Expansion des Osmanischen Reiches ein wirkungsvolles Druckmittel in der Hand: Das Steuergeld für die geplante Offensive musste auf den Landtagen bewilligt werden, und die Stände erwarteten für ihre Zustimmung Gegenleistungen, vor allem in Form von konfessionellen Zugeständnissen. Überschattet war seine Statthalterschaft außerdem durch den Bauernaufstand in den Jahren 1595–1597, der aus einer explosiven Mischung aus sozialen und konfessionellen Konflikten entstanden war.
Matthias reagierte eher hilflos mit Gewalt. Bei seinen politischen Richtungsentscheidungen geriet er zunehmend in den Einfluss von Melchior Klesl (1552–1630), der zur grauen Eminenz hinter dem Habsburger wurde. Aus einfachen Verhältnissen stammend, machte Klesl Karriere als intelligenter und gewiefter Taktiker zwischen den Fronten. Als Lutheraner geboren, konvertierte er, trat in den Jesuitenorden ein und stieg im katholischen Klerus rasch auf. Als Bischof von Wiener Neustadt übertrug man ihm als Generaladministrator die Organisation der Gegenreformation in den österreichischen Ländern. Später zum Rektor der Wiener Universität ernannt, brachte er es bis zum Kardinal und Bischof von Wien. Als Vertreter eines strengen gegenreformatorischen Kurses und sozialer Aufsteiger wurde er zum Hassobjekt des protestantischen Adels. Ursprünglich dem politischen Lager Rudolfs II. zugerechnet, entfernte sich Klesl von seinem einstigen Unterstützer und wechselte im sich abzeichnenden Bruderzwist im Haus Habsburg auf Matthias’ Seite.
Unter der Führung Klesls wurde Matthias in Folge zu einer der Hauptfiguren im innerfamiliären Konflikt, der angesichts des fortschreitenden geistigen Verfalls Rudolfs II. ausgebrochen war. Es ging auch um die Frage der Nachfolge, da Rudolf unverheiratet und ohne legitime Nachfolger geblieben war. Matthias rückte auf die erste Stelle in der Erbfolge und arbeitete immer offener gegen seinen Bruder, der wiederum Matthias mit unverhohlenem Hass begegnete.
Die innerfamiliäre Krise wurde von den Ständen als den Gegnern einer starken Königsherrschaft genutzt. Deren Taktik war das Ausspielen der brüderlichen Streitparteien, die, um sich die Unterstützung der Ständegemeinden zu erkaufen, empfindliche Zugeständnisse machen mussten. Ein klassisches Beispiel des Verfalls habsburgischer Macht war die Situation in Ungarn, das 1604 Schauplatz eines Aufstandes war. Der siebenbürgische Fürst Stephan Bocskai schwang sich im habsburgischen Teil Ungarns zum Hoffnungsträger eines konfessionell liberalen Regimes auf und versprach die Erhaltung der Freiheiten der ungarischen Adelsnation, die gegen das katholische habsburgische Regiment aufbegehrte. Die habsburgische Verhandlungsposition wurde durch die drohende Gefahr eingeengt, dass die Türken die instabile Lage in Ungarn für weitere Eroberungen nützen könnten. Die Versuche Matthias’, hier zu retten was zu retten war, wurden vom konkurrierenden Bruder Rudolf bewusst sabotiert. Matthias gelang es trotzdem, mittels weitreichender Zugeständnisse eine Entlastung zu bringen. Der Preis hierfür war die Zusicherung der freien Religionsausübung in Ungarn. Mit den Türken konnte 1606 der Frieden von Zsitvatorok geschlossen werden. Aufgrund des offensichtlichen Erfolgs von Matthias und seiner Berater sah sich Rudolf gezwungen, seinem verhassten Bruder die Statthalterschaft in Ungarn zu verleihen.
