Ferdinand von Tirol: Ehen und Nachkommen
Während der Prager Jahre knüpfte Ferdinand eine Beziehung zu Philippine Welser (1527–1580), der Tochter eines überaus vermögenden Augsburger Patriziers, die er 1557 schließlich ehelichte. Die nicht standesgemäße Verbindung wurde zunächst vor dem Vater verheimlicht.
Erst 1559 informierte Ferdinand seinen Vater über die Ehe, die er ohne dessen Erlaubnis eingegangen war. Zunächst musste der Sohn unter Eid versprechen, die Verehelichung nicht publik zu machen – Philippine lebte also offiziell nur als Konkubine mit ihrem Gemahl zusammen. Erst 1576 wurde Ferdinand vom Papst des Eides entbunden und konnte sich offiziell zu seiner langjährigen Gemahlin bekennen.
Aus der Verbindung gingen zwei Söhne hervor, Andreas und Karl, die nicht zu Mitgliedern des habsburgischen Erzhauses zählten. Bis zur öffentlichen Bekanntgabe der Ehe ihrer leiblichen Eltern galten sie (wie zwei im Kindesalter verstorbene Geschwister) offiziell als Findelkinder, die aus „Barmherzigkeit“ im Haushalt des Erzherzogs Aufnahme gefunden hatten.
Der ältere Sohn, Andreas „von Österreich“ (1558–1600), wurde 1576 zum Kardinal erhoben mit dem Versprechen der Anwartschaft auf ein Bistum zu seiner Versorgung – ohne jemals die priesterlichen Weihen empfangen zu haben. Er erhielt schließlich die einträglichen Würden eines Fürstbischofs von Konstanz (1589) und Brixen (1591), wo der prächtige Bischofspalast an ihn erinnert. Der Kardinal war weniger als Seelsorger denn als Diplomat tätig. Als Statthalter in verschiedenen habsburgischen Territorien ist sein Wirken wegen seines undiplomatischen und rücksichtslosen Vorgehens umstritten. Aus unehelichen Verhältnissen hatte er einen Sohn und eine Tochter. Andreas starb während eines Aufenthaltes in Rom, wo er auch begraben ist.
Der jüngere Sohn Karl (1560–1618) trug zunächst ebenfalls den Namen „von Österreich“, wurde aber später zum Markgrafen von Burgau und Grafen von Nellenburg und Hohenberg – alles habsburgischer Splitterbesitz in Schwaben – erhoben, wo er die Regentschaft übernahm. Er versuchte sich mit wechselndem Erfolg als Heerführer in spanischen Diensten. Erst spät in seinem Leben, mit über 40 Jahren, vermählte er sich 1601 mit einer deutschen Fürstentochter, Sibylle von Jülich-Kleve, seiner Nichte väterlicherseits. Die Ehe blieb kinderlos, sodass sich diese Linie eines morganatischen Nachkommens eines Habsburgers nicht fortsetzte.
Zurück zu Ferdinand: Nach dem Tod seiner ersten Gattin Philippine 1580 ging er eine neuerliche Ehe ein. Diesmal den dynastischen Anforderungen entsprechend, heiratete er 1582 seine Nichte Anna Katharina von Gonzaga-Mantua (1566–1621), Tochter seiner Schwester Eleonore. Seine um 37 Jahre jüngere Gemahlin gebar ihm drei Töchter, darunter Anna (geb. 1585), die später Ferdinands Neffen Matthias heiraten sollte und dadurch zur Kaiserin aufstieg. Äußerst fromm, wurde die Gattin Ferdinands eine besondere Förderin des Servitenordens, eines in Italien entstandenen katholischen Reformordens, der sich der Marienverehrung widmete. Sie stiftete das Servitenkloster in Innsbruck und eine weibliche Niederlassung desselben Ordens an der dortigen Hofburg, in die sie als Witwe zusammen mit ihrer Tochter Maria eintrat.