Ferdinand III. als Regent: Ein schwieriger Start
Der Dreißigjährige Krieg stand in seiner Endphase, und weite Teile des Reiches waren verwüstet und entvölkert: Ein militärischer Sieg wurde für alle Streitparteien immer unwahrscheinlicher. Das Haus Habsburg stand vor den Ruinen überzogener Herrschaftsansprüche.
1637 übernahm Ferdinand die Herrschaft über ein Reich, das durch den nun bereits fast 20 Jahre dauernden Krieg geschwächt war. Durch den Kriegseintritt Schwedens (1630) und Frankreichs (1635) war die Habsburgermonarchie nun mit mächtigen Gegnern konfrontiert.
Auf die anfänglichen Erfolge in der Frühphase des Krieges folgte nun eine Serie von empfindlichen Niederlagen, wie z. B. die für das kaiserliche Heer katastrophale Schlacht von Jankau 1645. Es fehlte an einer führungsstarken Armeeleitung: Der Wiener Hof war ängstlich darauf bedacht, keine allzu dominante Persönlichkeit aufkommen zu lassen – dahinter stand die Furcht vor einem übermächtigen Oberkommandanten vom Schlage Wallensteins.
Der Kaiser war außerdem aufgrund der rasant steigenden Militärausgaben in Finanznöten – doch Loyalität war im Kriegswesen der Zeit allein mit Geld zu kaufen. Ein Ausbleiben der Soldzahlungen hatte eine gefährliche Unzuverlässigkeit des Offizierscorps zur Folge, denn die Feldherren agierten als freie Unternehmer, finanzierten ihre Söldnerheere vor und rechneten danach mit der Hofkammer ab.
Der Kaiser wurde zunehmend abhängig von Krediten und der Finanzhilfe des österreichisch-böhmischen Hochadels, der sich im Gegenzug ein Monopol auf einträgliche und einflussreiche Posten bei Hof und in der Staatsverwaltung erkaufte. Durch die massiven Vermögensverschiebungen im Zuge der Niederschlagung des böhmischen Ständeaufstandes und der galoppierenden Inflation als Folge der Münzverschlechterung in den 1620er Jahren war eine oligarchische Gruppe von Hochadeligen entstanden, die die Finanzwelt der Habsburgermonarchie beherrschte. Ferdinand führte einen vergeblichen Kampf um eine Reform der Finanzverwaltung und gegen die herrschende Korruption.
Der Tiefpunkt wurde erreicht, als 1645 die schwedische Armee die böhmischen Länder unter ihre Kontrolle brachte und bis zur Donau, fast bis vor die Tore Wiens, vorstieß. Unruhen der Bauern drohten, auch die in den Untergrund gedrängten Protestanten traten unter schwedischem Schutz hervor – es zeigte sich, wie oberflächlich die erzwungene Rekatholisierung weiter Teile der Bevölkerung war. Nun war das endgültige Ende der kaiserlichen Allmachtsfantasien, der irrealen Vorstellungen einer Hegemonie des Kaisers in Reich und Europa, gekommen. Es galt nun zumindest die Herrschaft in den Erblanden erhalten zu können.