Ferdinand II.: Ehe und Nachkommen
Den Vorgaben der katholischen Kirche folgte Ferdinand auch im Familienleben.
Seine erste Ehe ging er noch als Erzherzog und Landesfürst von Innerösterreich im Jahre 1600 mit seiner Cousine mütterlicherseits, Maria Anna von Bayern (1574–1616), ein. Die Wittelsbacherin war die Tochter des bayrischen Herzogs Wilhelm V. und Renates von Lothringen. Die Ehe ging auf eine Initiative von Ferdinands einflussreicher Mutter Maria von Bayern zurück, die die Allianz zwischen den beiden führenden katholischen Dynastien im Reich, den Häusern Habsburg und Wittelsbach, stärken wollte.
Maria Anna brachte während ihrer 16 Jahre dauernden Ehe sieben Kinder zur Welt. Die beiden ersten Kinder, eine Tochter und ein Sohn, starben bei der Geburt. Ein weiterer Sohn mit Namen Johann Karl starb im Alter von 14 Jahren. Erst das vierte Kind, ein Sohn, erreichte das Erwachsenenalter und folgte als Kaiser Ferdinand III. seinem Vater nach.
Es folgten eine Tochter (geb. 1610), die nach der Mutter Maria Anna genannt wurde und in die Herkunftsfamilie ihrer Mutter heiraten sollte: Sie wurde mit ihrem um 40 Jahre älteren Onkel mütterlicherseits, Kurfürst Maximilian von Bayern, dem engsten Verbündeten ihres Vaters im Reich, vermählt. Die Ehe entwickelte sich trotz aller Bedenken sehr positiv, und die junge Gemahlin schenkte dem Herzog den ersehnten Nachfolger. Nach dem Tod ihres Gatten 1651 übernahm sie die Vormundschaftsregierung für ihren Sohn und blieb auch danach bis zu ihrem Tod 1665 eine politisch sehr einflussreiche Gestalt am bayrischen Hof.
Eine weitere Tochter mit dem Namen Cäcilia Renata (geb. 1611) wurde mit König Wladislaus von Polen vermählt, einem Cousin väterlicherseits. Die Ehe verlief sehr unglücklich. Sie starb 1644 im Kindbett.
Der jüngste Sohn Leopold Wilhelm (1614–1662) schlug die kirchliche Laufbahn ein. Als bedeutendem Feldherrn und Kunstsammler ist ihm eine eigenständige Biografie gewidmet.
Nach dem Tod seiner ersten Gemahlin 1616 vermählte sich der 44-jährige, nunmehr zum Kaiser aufgestiegene Witwer Ferdinand 1622 mit der um 20 Jahre jüngeren Eleonore von Mantua (1598–1655).
Die als besondere Schönheit gefeierte Italienerin war die jüngste Tochter von Herzog Vicenzo I. von Mantua aus dem Haus Gonzaga, einem Parteigänger der Habsburger in Norditalien. Die „ältere Eleonora“, wie sie der besseren Unterscheidung zur Gemahlin ihres Stiefsohnes Ferdinands III., der jüngeren Eleonora von Gonzaga, genannt wird, war wie ihr Gatte von tiefer Religiosität geprägt. Die Kaiserin stiftete einige Klöster und auch die als Herzgruft bekannte Grablege für die Herzen der Habsburger in der Loretokapelle der Wiener Augustinerkirche. Eleonora, deren Ehe mit Ferdinand II. kinderlos blieb, starb 1655 in Wien.
Die besondere Bedeutung Eleonores für die Geschichte der Habsburgermonarchie lag auf dem Gebiet der Musik, denn sie brachte aus ihrer italienischen Heimat eine neue Art des Musiktheaters mit: Dank ihr etablierten sich die Oper und das musikalische Ballett am Wiener Hof.